La storia della chiesa inizia con il monaco messinese Placido che, nel 535 d.C. fu incaricato da San Benedetto di Norcia di costruire il primo monastero Benedettino in Sicilia con una chiesetta annessa dedicata a San Giovanni Battista. Fu torturato e ucciso assieme ai suoi fratelli nel 541 per mano di pirati sbarcati a Messina perché si rifiutò di rinnegare la propria fede. Papa Sisto V proclamò Placido e i suoi Compagni Santi Martiri. La chiesa è conosciuta con il nome di San Giovanni di Malta, in quanto, adiacente al palazzo, adesso non più esistente, del Gran Priorato dei Cavalieri di Malta. Importante il suo museo, nel quale, sono custodite le reliquie di San Placido e dei Compagni e un'interessante collezione di argenti e paramenti liturgici; si possono ammirare le statue di San Giovanni Battista e San Placido e il monumento funebre in onore di Francesco Maurolico scienziato, umanista messinese.